Mikroenkapsulasi Lactobacillus delbrueckii 94/L4 dan Streptococcus thermophilus 24/S1 dilakukan karena viabilitas dan stabilitas dari starter culture menjadi masalah ketika diproduksi karena sifatnya yang sensitif terhadap kondisi penyimpanannya. Mikroenkapsulasi merupakan teknik yang digunakan untuk melindungi starter culture dari pengaruh lingkungan dan juga dapat meningkatkan nilai sensori dari produk yang dihasilkan. Oleh karena itu, pada penelitian ini dilakukan mikroenkapsulasi starter culture Lactobacillus delbrueckii 94/L4 dan Streptococcus thermophilus 24/S1 dengan polimer natrium alginat – kitosan menggunakan metode ekstrusi, gelasi ionik, dan pengeringan dengan freeze-drying. Enumerasi dalam satuan log CFU/ml dilakukan untuk membandingkan starter culture yang dimikroenkapsulasi dengan yang tidak dimikroenkapsulasi, pengaruh suhu penyimpanan 4°C dan suhu ruang setelah disimpan selama 28 hari. Dari penelitian ini diketahui bahwa mikroenkapsulasi dan suhu penyimpanan memiliki pengaruh terhadap viabilitas dari starter culture, dimana penyimpanan starter culture yang di mikroenkapsulasi pada suhu 4°C memiliki viabilitas sebesar 97,70% dan 97.51% pada penyimpanan suhu ruang. Sedangkan viabilitas starter culture yang tidak di mikroenkapsulasi adalah masing-masing 60,26% dan 40,20% pada suhu 4°C dan suhu ruang.