Trombosis merupakan salah satu penyebab penyakit kardiovaskular. Penggunaan enzim fibrinolitik seperti streptokinase dan tPA rekombinan telah dievaluasi secara berkala karena kemampuan enzim tersebut dalam menghancurkan trombus Meski demikian, penggunaan enzim fibrinolitik yang telah diidentifikasi masih memiliki beberapa kelemahan. Oleh sebab itu, pencarian enzim fibrinolitik yang lebih efisien masih terus dilakukan. Bacillus spp. merupakan organisme yang diketahui mampu menghasilkan enzim fibrinolitik. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi aktivitas fibrinolitik terhadap dua isolat yaitu Bacillus amyloliquefaciens N1 dan Bacillus amyloliquefaciens SS34 yang ditumbuhkan dalam NB dan larutan susu kedelai. Bacillus amyloliquefaciens N1 menunjukkan aktivitas degradasi gumpalan darah mencapai 65,23% sedangkan Bacillus amyloliquefaciens SS34 mencapai 22,73%. Kedua isolat yang ditumbuhkan dalam larutan susu kedelai menunjukkan aktivitas fibrinolitik yang lebih tingi dibanding isolat yang ditumbuhkan dalam NB. Uji pengaruh suhu dan pH menunjukkan Bacillus amyloliquefaciens N1 memiliki aktivitas fibrinolitik optimum pada suhu 40C dan pH 7,4 sedangkan Bacillus amyloliquefaciens SS34 memiliki aktivitas fibrinolitik optimum pada suhu 37oC dan pH 6,4. Hasil fibrin zymography menunjukkan bahwa Bacillus amyloliquefaciens N1 diperkirakan memiliki empat jenis protein yang berperan dalam aktivitas fibrinolitik dengan berat molekul antara 28,1-51,1 kDa. Dua diantara empat protein tersebut diduga merupakan Subtilisin BPN’ dengan berat molekul 28,1 kDa dan Bacillopeptidase oF dengan berat molekul 33,3 kDa.