Malachite green merupakan salah satu pewarna sintetis yang paling banyak digunakan, khususnya dalam bidang akuakultur. Akan tetapi, malachite green berpotensi sebagai agen karsinogenik dan mutagenik. Penelitian ini ditujukan untuk mengevaluasi kemampuan biodegradasi malachite green oleh bakteri koleksi UPH serta menganalisis metabolit hasil degradasi tersebut. Enterobacter cloacae (M8) dan Klebsiella quasipneumoniae (GYP CV4) menunjukkan kemampuan biodegradasi malachite green dengan persentase dekolorisasi tertinggi (lebih dari 90 %) ketika diinkubasi pada suhu 30 – 35 C selama 48 jam pada medium nutrient broth yang mengandung malachite green 0,0025 %. Pada pengujian enzim, semipurifikasi enzim dibuat dengan mempresipitasi crude enzyme dengan aseton. Hasil presipitasi enzim menunjukkan terbentuknya lima hingga enam pita protein pada SDS-PAGE, dan kedua isolat menunjukkan hasil positif pada uji aktivitas peroksidase. Analisis metabolit yang dihasilkan dengan menggunakan metode TLC maupun spektrofotometer UV-Vis menunjukkan terbentuknya metabolit baru hasil pemecahan cincin aromatik malachite green. Hasil uji toksisitas metabolit menunjukkan bahwa malachite green yang telah terdegradasi bersifat lebih tidak toksik. Selain itu crude enzyme isolat M8 dan GYP CV4 mampu mendegradasi malachite green dengan persentase dekolorisasi yang tinggi (80,43 % & 89,45 %) dalam waktu 180 menit.