Kedelai adalah produk pangan bernilai gizi tinggi yang banyak dikonsumsi oleh masyarakat Indonesia. Pada penelitian ini, kedelai akan dimodifikasi dengan cara perkecambahan. Komponen zat gizi akan berubah menjadi senyawa-senyawa yang lebih sederhana selama proses perkecambahan sehingga menjadi lebih mudah dicerna bagi tubuh manusia. Selain itu, perkecambahan juga dapat meningkatkan kapasitas antioksidan. Tujuan dari penelitian ini adalah menentukan kondisi perkecambahan untuk mengoptimalkan kapasitas antioksidan dari biji kedelai varietas Wilis. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kondisi terbaik untuk mengoptimalkan kapasitas antioksidan adalah dengan cara perkecambahan pada suhu 25°C selama 15 jam dengan rasio biji kedelai dan air 1:3 tanpa adanya penambahan garam. Kapasitas antioksidan kecambah kedelai varietas Wilis pada 100 ppm memiliki % radical scavenging activity sebesar 9.69% dengan % scavenging ternormalisasi 0.65% dengan total fenol pada biji 2.1 mg GAE/g sedangkan di kecambah 2.9 mg GAE/g. Dari hasil identifikasi GC-MS ditemukan senyawa-senyawa antioksidan yang terdapat di biji kedelai dan kecambah kedelai berupa benzoic acid, 2-methoxy-4-vinylphenol, 2,5dihydroxytoluene, pyrogallol 1,3-dimethyl ether, 2,5-dihydroxytoluene, pyrogallol 1,3-dimethyl ether, hexadecanoic Acid methyl Ester dan methyl oleate dan terdapat juga senyawa-senyawa antioksidan baru yang muncul setelah proses perkecambahan yaitu neophytadiene, campesterol, stigmasterol, delta-tocopherol dan gamma-tocopherol.