Mi lethek merupakan salah satu produk pangan tradisional khas daerah Yogyakarta yang terbuat dari tepung tapioka dan gaplek. Sifat fungsional mi lethek khususnya kadar pati resisten dapat ditingkatkan dengan memodifikasi secara fisik tepung tapioka dan gaplek melalui autoclaving dan cooling. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menentukan pengaruh metode autoclaving, cooling, dan autoclaving- cooling terhadap kadar pati resisten tepung tapioka dan gaplek; menentukan metode modifikasi fisik terbaik berdasarkan kadar pati resisten tertinggi tepung tapioka dan gaplek; dan menentukan pengaruh rasio antara tepung tapioka dengan gaplek hasil modifikasi dan jumlah siklus pengukusan-pendinginan dalam proses pembuatan mi lethek terhadap karakteristik mi lethek. Tepung tapioka dan gaplek dimodifikasi dengan metode autoclaving, cooling, dan autoclaving-cooling. Mi lethek dibuat dari tepung tapioka dan gaplek hasil modifikasi terbaik dengan variasi rasio tepung tapioka dan gaplek (100:0, 75:25, 50:50, 25:75, dan 0:100) serta diberikan perbedaan siklus pengukusan-pendinginan (1 siklus dan 2 siklus) pada proses pembuatannya. Hasil penelitian menunjukkan metode autoclaving menghasilkan kadar pati resisten tertinggi untuk tepung tapioka dan gaplek yaitu sebesar 1,02±0,00 dan 1,01±0,00%. Semakin banyak tepung gaplek termodifikasi autoclaving dan semakin sedikit tepung tapioka termodifikasi autoclaving dalam mi lethek dapat meningkatkan kadar pati resisten mi lethek. Jumlah siklus pengukusan-pendinginan yang semakin banyak dapat menyebabkan penurunan kadar pati resisten pada mi lethek. Metode modifikasi terbaik untuk meningkatkan kadar pati resisten pada tepung tapioka adalah autoclaving. Mi lethek dengan rasio tepung tapioka dan gaplek termodifikasi autoclaving 50:50 dengan 1 siklus pengukusan-pendinginan merupakan mi lethek formulasi terbaik. Kadar pati resisten mi lethek formulasi terbaik adalah sebesar 6,55±0,07%. Kadar pati resisten mi lethek yang dibuat dari tepung tapioka dan gaplek hasil modifikasi autoclaving lebih tinggi dibandingkan dengan mi lethek komersial.