Agar-agar adalah hidrokoloid hasil ekstraksi alga merah terutama Gracilaria, yang diaplikasikan secara luas dalam bidang pangan sebagai pengental, penstabil, dan gelling agent. Tetapi, agar-agar memiliki berat molekul yang besar sehingga kelarutannya terbatas. Salah satu cara untuk mengecilkan berat molekul agar-agar adalah dengan melakukan depolimerisasi. Asam perasetat atau peroxyacetic acid (PAA), dengan rumus molekul CH3CO3H, adalah senyawa organik dan oksidator kuat. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi agar-agar hasil ekstraksi, serta mengkaji pengaruh suhu depolimerisasi dan konsentrasi asam perasetat terhadap karakteristik agar-agar hasil depolimerisasi seperti rendemen, berat molekul, kelarutan, mikrostruktur, dan gugus fungsionalnya. Agar diekstraksi dari rumput laut dengan menggunakan metode hot water extraction. Agar tepung didapatkan melalui metode freeze-thawing, pengeringan, dan pengecilan ukuran. Depolimerisasi dilakukan pada suhu 70, 80, dan 90 C dengan konsentrasi asam perasetat 1, 2, dan 3%. Hasil penelitian menunjukkan agar hasil depolimerisasi mempunyai rendemen 9,45-90,46%, berat molekul 206,53-246,62 kDa, dan kelarutan 31,34-56,99%. Suhu dan konsentrasi asam yang semakin tinggi akan menurunkan rendemen agar hasil depolimerisasi, sedangkan suhu rendah dan meningkatnya konsentrasi asam sampai 2% akan menurunkan berat molekul dan meningkatkan kelarutan. Depolimerisasi menyebabkan perubahan pada mikrostruktur dan gugus fungsi agar hasil depolimerisasi. Agar-agar hasil depolimerisasi dengan suhu depolimerisasi 70oC dan konsentrasi asam perasetat 2% menghasilkan agar dengan berat molekul terkecil (206,53 kDa) dan kelarutan tertinggi (56,99%).