Salah satu strategi investasi yang paling sering digunakan oleh investor adalah market neutral strategy. Alasannya, karena strategi ini bersifat netral terhadap pergerakan pasar. Salah satu market neutral strategy adalah pairs trading, yaitu suatu strategi jual-beli saham dengan cara memasangkan dua saham menjadi satu portofolio. Metode kointegrasi adalah salah satu metode pairs trading yang populer. Meskipun begitu, metode kointegrasi memiliki kelemahan, yaitu karena metode ini berasumsi bahwa deret waktu harga saham bersifat murni mean-reverting. Oleh karena itu, dikembangkan metode kointegrasi parsial yang memperbolehkan residu regresi dari pasangan saham untuk memiliki komponen mean-reverting dan komponen random walk. Penelitian ini dilakukan untuk membuktikan bahwa metode kointegrasi parsial lebih baik dalam melakukan pairs trading. Pada periode pembentukan, masing-masing saham di-fit ke dalam model kointegrasi dan kointegrasi parsial untuk selanjutnya dipilih 20 pasangan dengan Sharpe ratio terbaik. Dua puluh pasangan tersebut yang bisa melanjutkan ke periode trading. Dalam periode trading, dilakukan simulasi jual-beli saham sesuai dengan peraturan dan signal yang telah ditentukan. Dari penelitian yang telah dilakukan, diperoleh kesimpulan bahwa metode kointegrasi parsial lebih baik dari metode kointegrasi dalam melakukan pairs trading karena return dan Sharpe ratio yang dihasilkan lebih besar. Selain itu, metode kointegrasi parsial terbukti lebih stabil dalam menghadapi krisis ekonomi tahun 2008 karena bisa menghasilkan profit pada masa-masa krisis.