Pengenalan akan Allah yang disingkapkan melalui wahyu umum dan wahyu khusus merupakan tujuan pendidikan Kristen. Oleh karena itu, integrasi yang Alkitabiah merupakan hal yang sangat penting di dalam pendidikan Kristen karena menggabungkan prinsip Alkitabiah dengan ilmu pengetahuan merupakan cara siswa mengenal Allah. Pada kenyataannya, integrasi yang Alkitabiah belum diterapkan secara maksimal dalam pendidikan Kristen, khususnya pada pembelajaran biologi. Hal ini disebabkan oleh sulitnya guru dalam memilih metode yang tepat untuk melakukan integrasi yang Alkitabiah di tengah keberagaman agama. Untuk mengatasi masalah tersebut penulis menggunakan pertanyaan esensial sebagai metode untuk melakukan integrasi yang Alkitabiah. Maka tujuan penelitian ini adalah untuk mengkaji penggunaan pertanyaan esensial sebagai metode untuk melakukan integrasi yang Alkitabiah pada materi sel di tengah keberagaman agama. Metode penelitian yang digunakan adalah deskriptif kualitatif. Metode ini terbukti mampu membantu guru dalam melakukan integrasi yang Alkitabiah. Hal ini karena pertanyaan esensial merupakan pertanyaan yang membimbing siswa ke dalam inti pembelajaran yaitu kebenaran Alkitab. Saran untuk penelitian selanjutnya adalah menerapkan penggunaan pertanyaan esensial dengan jangka waktu yang lebih panjang, mengimplementasikan dengan cara yang lebih variatif dan merancang pertanyaan yang mencakup kisah penciptaan, kejatuhan.