Keterbatasan pembelajaran daring pada pandemi Covid-19 ternyata mempengaruhi kemampuan-kemampuan yang dimiliki siswa. Hasil observasi dan latihan soal pada salah satu sekolah swasta Yogyakarta ditemukan fakta kurangnya siswa dalam berpikir kritis selama pembelajaran. Siswa tidak mampu menganalisis soal sederhana yang diberikan guru. Allah menciptakan manusia sebagai makhluk yang memiliki rasio dan Allah memiliki tujuan atas apa yang diciptakan-Nya. Melalui rasio yang Ia berikan, manusia dapat mempertanggungjawabkan iman mereka dan mengenal Allah sejauh apa yang telah disingkapkan. Pendidikan Kristen telah memahami hal ini sehingga tujuan pembelajaran bukanlah menjadikan siswa sebagai penghafal melainkan menjadi seorang yang mampu berpikir kritis. STEM dengan integrasi PBL menjadi salah satu solusi untuk meningkatkan keterampilan berpikir kritis siswa. Oleh sebab itu tujuan penelitian ini adalah untuk melihat penerapan pendekatan STEM-PBL terhadap keterampilan berpikir kritis siswa pada pembelajaran daring. Metode penelitian deskritif kualitatif berdasarkan data-data pengalaman mengajar dan sumber pendukung lainnya. Hasil penerapan STEM-PBL menunjukan peningkatan keterampilan berpikir kritis siswa dalam memecahkan permasalahan kehidupan sehari-hari. Siswa mampu merancang desain alat pemecah masalah dan mengintegrasikannya dalam berbagai disiplin ilmu. Saran bagi peneliti selanjutnya adalah penerapan STEM-PBL bisa dirancang agar siswa dapat menghasilkan produk pemecah masalah secara nyata bukan hanya sebatas desain saja.