Klebsiella pneumoniae adalah bakteri yang mampu mendekolorsiasi pewarna karena memiliki enzim ekstraseluler. Analisis lebih lanjut diperlukan untuk mengetahui profil protein yang dimiliki oleh bakteri Klebsiella pneumoniae. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh penambahan pewarna dan tembaga pada profil protein Klebsiella pneumoniae. Bakteri ditumbuhkan pada media LB agar untuk mengetahui uji resistensi. Bakteri ditumbuhkan dengan media LB broth dan pertumbuhan diukur menggunakan spektrofotometer setiap hari, Profil protein dilakukan dengan menggunakan supernatan kultur diuji menggunakan metode SDS page. Hasil pemecahan pewarna malachite green dianalisis menggunakan metode GC-MS. Klebsiella pneumoniae mampu bertahan pada pewarna dengan konsentrasi yang tinggi. Bakteri memiliki nilai MBC terhadap tembaga adalah 7 mM. Tingkat dekolorisasi pada pewarna malachite green paling tinggi yaitu 99,4% dan dilanjutkan oleh congo red dengan 81%. Penambahan tembaga menghambat dekolorisasi pewarna, kecuali pada pewarna malachite green dan methylene blue. Ditemukan enzim lakase (66 kDa), enzim mangan peroksidase (42 kDa), dan azoreduktase (23 kDa). Hasil GC-MS menunjukan hasil pemecahan pewarna malachite green sudah menghasilkan sebagian senyawa aman dan beberapa senyawa toxic. Diperlukan uji dekolorisasi lebih lama untuk memastikan, uji enzimatik lebih lanjut untuk memastikan semua enzim, serta diperlukan analisis lebih lanjut pada setiap pewarna yang diujikan.